但公司扣了我三个月的社保，这样做对吗？

公司扣你三个月社保不对。依据《劳动法》和《社会保险法》，公司应为员工缴纳社保，多扣则违法。不及时处理可能导致社保权益受损，影响未来养老、医疗等保障。
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公司扣社保常见的处理方式是申请劳动仲裁。你应先与公司沟通，若无果则向当地人力资源和社会保障局内的劳动争议仲裁委提出申请，以维护自身权益。
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公司扣社保应申请仲裁。操作如下：1.收集证据，如工资条、社保缴纳记录；2.与公司沟通，要求解释并纠正；3.若公司不配合，向劳动仲裁委提交申请，附上证据；4.等待仲裁结果，必要时可诉诸法院。